在对付本州顽抗的同时，新朝海军并未闲着。
郑沧澜分遣舰队，轻松攻占了防御薄弱的四国全岛和九州剩余未降区域。
稍具规模的，则是跨海远征虾夷地。
此时的虾夷地尚未被倭国完全同化，以阿伊努人为主，倭人移民和据点不多。
新朝舰队直接开进函馆湾，几乎没有遇到像样的海防。
登陆部队轻松击溃了少量幕府驻军和浪人武装，并展现了与对待倭人不同的态度——对愿意合作的阿伊努酋长给予赏赐和自治承诺，对倭人移民点则严加管控和清理。
至承平十二年秋，新朝龙旗已插遍倭国四大主岛所有重要城镇和战略要地。
零星抵抗虽仍时有发生，但已无法影响大局。
倭国作为一个有组织的政治实体，已然宣告灭亡。
占领、清算与同化——从根子上改造。
军事占领完成后，萧景筹划已久的系统性清除与华夏同化计划，开始全面、冷酷地实施。
第一步：政治清算与阶层摧毁。
天皇及公卿贵族：以“僭越称制、祸乱海疆”等罪名进行公审，大部分判处终身监禁于偏远海岛或内陆秘密地点，少数冥顽不灵者公开处决，彻底抹去其神圣性与政治象征。
幕府将军、各藩大名及高级武士家族：成年男性主要成员，除极少数早降且有功者外，几乎全部处决。
家族财产全部抄没，宅邸、城堡大多被焚毁或拆毁，以消除地标。
其家族余众，如妇孺、旁系全部打入“贱籍”，分批强制迁往华夏北真、西域、云贵等边远或新开发地区，分散安置，严禁聚居，从事最艰苦的开荒、筑路、采矿等劳役。
中下层武士、神官、僧侣等旧统治阶层骨干：进行严格甄别。顽固者处决或苦役；顺从者集中进行“思想改造”，学汉话、汉字，灌输新朝律法与忠君爱国思想，改造后部分编入辅助管理队伍或劳役营监管岗位，部分同样迁往华夏内地分散安置。
第二步：人口迁移与结构重塑。
强制移民：这是计划的核心。从承平十二年末开始，持续数年，大规模、有组织的华夏移民潮涌向倭国各岛。
移民主要来自华夏人口稠密、土地相对紧张的地区，如中原、江南，由朝廷组织，提供路费、初期安家费和土地。
优先安置在土地肥沃的关东平原、近畿地区、九州北部及沿海重要港口、矿区附近。
建立全新的华夏式村庄、城镇，推行华夏语言、文字、度量衡、法律、风俗。
倭人外迁与内散：与此同时，对原倭国本土人口进行大规模迁移。
青壮劳力：大量被俘或征集的倭人青壮男子，被戴上镣铐，编成“开拓团”，源源不断地运往北真苦寒之地开采矿藏，尤其是金银矿，运往西域沙漠边缘修建道路、水渠，运往南洋群岛开发种植园。
高强度的劳动、恶劣的环境、严格的监管，使得这些“开拓团”死亡率极高，实质上是一种缓慢的消耗。
妇孺及平民：进行登记造册后，以家庭或小团体为单位，分散迁入华夏内陆各省，特别是需要人口的边疆新垦区或新兴工矿城镇。
严格禁止他们聚居，强制改汉姓、学汉俗、说汉语，与华夏百姓通婚杂居。朝廷给予接收地一些税收优惠，并派专人监督同化过程。
保留地与羁縻：对于虾夷地的阿伊努人等非倭系原住民，以及极少数在战争中合作、表现“恭顺”的倭人村落，采取羁縻政策，划定保留地，给予一定自治权，但要求其首领接受新朝册封，遵守新朝法律，并逐步推广华夏文化教育。