高梦箕闻讯后将这名少年安置在苏州不久又先后将其转送到杭州、金华暂居，直到事情风声泄露。
《明季南略》记载说，高梦箕秘密奏报太子抵达杭州的消息，一并知会马士英。
“于是遣内竖李继周持御札召之。”李继周在金华谒见太子，态度恭谨。
太子到南京后，弘光又派张、王两小内侍去察看，“一见太子，即抱足大恸。见天寒衣薄，各解衣以进”。
弘光得知盛怒，“遂掠二竖俱死，继周亦赐死”。
此事主要为谈迁《国榷》、《枣林杂俎》、计六奇《明季南略》、所记载，而叙述南太子案最详尽最剀切的陆圻《纤言》、文秉《烈皇小识》、《甲乙事案》、李清《南渡录》、顾苓《金陵野钞》等，以及顾炎武、黄宗羲等人关于弘光朝史事的著作均有记载。
弘光对这个南来太子的心态当然是抵触的。
太子的到来撼动着他的帝位。
弘光说：“太子若真，将何容朕？卿等旧讲官宜详辨之。”
曾经担任东宫教官三年的现任大学士王铎与同样曾任东宫讲官的刘正宗、李景廉见到这个少年之后都表示不认识，随后，采取了严厉的审讯，甚至动用了拶刑。
《红楼梦》葫芦僧乱判葫芦案，即是对此事的隐写。
《红楼梦》原文是：“不想这日三月十五，葫芦庙中炸供，那些和尚不加小心，致使油锅火逸，便烧着窗纸。
此方人家多用竹篱木壁者，大抵也因劫数，于是接二连三，牵五挂四，将一条街烧得如火焰山一般。
【甲戌眉批：写出南直召祸之实病。】彼时虽有军民来救，那火已成了势，如何救得下？直烧了一夜，方渐渐的熄去，也不知烧了几家。”
“炸供”即是“拶供”，三月十五日，就是三法司审讯南太子案时，左都御史李沾喝役动刑即上拶，“太子号呼皇天上帝，声彻于内。”
经过将高梦箕、穆虎和这位北来太子下狱并刑讯，按照后来弘光政权官方公布的审讯结果：此少年是驸马都尉王昜之侄孙名叫王之明。冒称太子是受人指使，为求富贵。
随后，左良玉、黄得功、刘泽清、刘良佐、何腾蛟、袁继咸等督镇大臣纷纷上疏，要求宽待甚至释放这个太子。
靖南侯黄得功最先出面上疏其疏说：“先帝子即皇上子，若速处治，恐东宫诸臣即识认，亦不敢出头取祸。”
接着，广昌伯刘良佐、湖广总督何腾蛟、江楚总督袁继咸、宁南侯左良玉等督镇大臣纷纷上疏，程度不同地将矛头指向弘光：如刘良佐“恳求曲全两朝彝伦”。
何腾蛟指摘“明旨愈宣，臣下愈惑”，袁继咸敦促“勿信偏词”。
而语言最愤激最放肆的是左良玉，痛批“满朝诸臣但知逢君，不惜大体”，斥责弘光待太子不如李自成待太子宽厚，“何至一家反视为仇，明知穷究并无别情，必欲展转诛求，遂使皇上忘屋乌之德，臣下绝委裘之义，普天同怨，皇上独与二三奸臣保守天下，无是理也”。
随后，左良玉假借“奉太子密诏”，起兵清君侧，顺江而下。
这使得弘光政权同时受到南下的清军和西面顺江而下的左军的威胁。
马士英此时举止失措，“尽调江北之兵，防左”。
这导致多铎从归德南下时，如入无人之境，直抵扬州城下。
随后发生了“扬州十日”大屠杀，清军过江。
弘光元年五月初十，弘光帝秘密逃出南京，辗转至芜湖板子矶依附黄得功。
十一日，天将亮时，南京市民涌入狱中，将“南太子”释放，将他拥入武英殿登基。
但是大多数文武官员，忌惮黄得功回京，或者怕清军即将来临，持观望的态度。
当时，总督京营戎政的忻城伯赵之龙已经决意降清，斩杀拥立南太子的监生徐瑜等三人，劝南太子退位，后又将之投入监狱。
随后清军入城，南京沦陷。
清豫亲王多铎入南京皇城，即问“崇祯太子安在”。
赵之龙释王之明往见。多铎指谓：“此真太子也。”
随后黄得功被叛将所杀，弘光帝被已经投降清廷的刘良佐俘获，解回南京，献给多铎。
闰六月，多铎班师，挟弘光、南太子王之明等北去。
顺治三年（公元1646年）五月，清廷自己来纠错，先造舆论，“京师纷传故明诸王私匿印信，谋为不轨。及行查，果获鲁潞王、荆王、衡王世子金玉银印，潞王等十一人伏诛”。
“同日，太子、弘光、潞王、秦王等九王俱被戮于市。”
至此，北、南两太子都死于清廷刀下。
这两位太子孰真孰假，在当时，直到现在，都有争论。
如钱海岳先生认为南太子为真，孟森，顾诚两位先生则认为南太子为假，北太子为真。
清朝官修正史《明史》中，只提及南太子案，而对北太子案只字未提。
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参考资料：
《太子慈烺和北南两太子案———纪念孟森先生诞生140周年、逝世70周年》（作者何龄修）
《史料龃龉背后的政治博弈——以明末太子案的历史记载为例》（作者胡涛）
谈迁《国榷》谈迁
钱轵《甲申传信录》
查继佐《罪惟录》
抱阳生《甲申朝事小纪》
佚名《鹿樵纪闻》
黄宗羲《弘光实录钞》
陆圻《纤言》
计六奇《明季南略》
李清《三垣笔记》、《南渡录》
《清史稿——世祖本纪》
《清世祖实录》
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个人觉得陆圻的《纤言》对南太子案的描述最为详细具体，但是太多细节反而未必是真。李清是亲历者，他的意见应该是当时大部分弘光朝臣对此事的看法。
这本小说故事发生的时间点，在弘光元年三月十八日，即三法司会审南太子案，动用拶刑之后的第三天。